Doenças emergentes são as doenças que surgiram pela primeira vez em um período recente da história (no máximo há 50 anos, embora sejam consideradas principalmente aquelas que apareceram nos últimos 20 anos).
Estas são doenças causadas por vírus, bactérias e protozoários até então desconhecido do homem, ou que atingiam apenas animais e passaram a contaminar também humanos.O maior exemplo de doença emergente é a AIDS, que era desconhecida até a década de 80.
Outros exemplos incluem a Hepatite C (descoberta em 1989), a Encefalite Espongiforme e o vírus Ebola. Mutações de doenças anteriormente conhecidas, como o caso da Gripe Aviária e da Gripe Suína (mutações do vírus Influenza), assim como a Dengue Hemorrágica, também são consideradas doenças emergentes.
O grande perigo das doenças emergentes é que sua cura e tratamento ainda estão em desenvolvimento, ou são desconhecidos, colocando os pacientes infectados por essas doenças em um maior risco de vida. Foi o caso da Gripe Suína que estima-se ter causado a morte de mais de 18 mil pessoas ao redor do mundo.